Untuk membawa lembaga P3A menjadi lembaga yang kuat dan mandiri, maka harus ada pembinaan dari pemerintah. Beberapa instansi terkait P3A, yaitu;Bappeda, Dinas PU/Pengairan dan Dinas Pertanian. Namun Sesuai PP 38 Tahun 2007, kewenangan pembinaan P3A yang semula di bawah Departemen PU beralih ke Departemen Pertanian.
Sebagai acuan kegiatan pembinaan, database mutlak dibutuhkan. Database dapat diolah untuk mendapatkan informasi, "lokasi P3A dimana" "kondisi sejauh mana", dan "program pembinaan seperti apa". Beberapa aspek yang mungkin butuh pembinaan (pendampingan), yaitu :
- Aspek Menejerial
- Aspek Teknis
- Aspek Legaliatas Formal
Kegiatan pendataan ini hanyalah langkah awal untuk kegiatan yang lebih besar kedepan. Tugas berat yang sudah menunggu adalah membina P3A di NTT agar menjadi lembaga P3A yang kuat dan mandiri.